Aufgabe der ökumenischen Seelsorge ist es, neu ankommende und abgewiesene Asylsuchende willkommen zu heissen und während ihrer Zeit im Zentrum zu begleiten.

Die Grundgedanken der ökumenischen Seelsorge beruhen auf der biblischen Tradition der Gastfreundschaft, den Grundrechten der Menschenwürde und der Rechtsgleichheit und dem grundsätzlichen Interesse am Leben und Glauben der Menschen. Deshalb können alle Menschen, egal welcher Herkunft oder Religion, die Hilfe der ökumenischen Seelsorge in Anspruch nehmen.

Die Seelsorgenden unterstützen die Asylsuchenden bei der Alltagsbewältigung im Zentrum und bei Belastungen und Krisen. Sie stärken die Verantwortlichkeit der Asylsuchenden und deren religiöse Ressourcen und setzen sich ein für deren Rechte.
 
Seit 1995 wird in den Empfangs- und Verfahrenszentren des Bundes durch die Landeskirchen ein Seelsorgedienst für Asylsuchende angeboten. Im Gegensatz zu den kantonalen Durchgangszentren für Asylsuchende sind die Bundeszentren für Drittpersonen der Zivilgesellschaft geschlossen. Seit 2023 sind Seelsorgerinnen und Seelsorger auch in den kantonalen Rückkehrzentren tätig, um abgewiesene Asylsuchende zu unterstützen. 

Seelsorge bei Asylsuchenden als Friedensarbeit: Beatrice Teuscher im Radio Radio Chico (September 2016).